Die Expositionen haben die Fläche von über 900 qm und befinden sich im Erdgeschoss und in drei Etagen des Gebäudes des Instituts für Fischereikunde.

Äußerst interessant ist die plastische Exposition des Oststeebeckens und der "feuchte" Saal. Das Museum besitzt auch einen Kinoraum, in dem Filmschauen rund um Meeresthemen stattfinden sowie Bildungsräume – Kindersaal, Experimentales Wasserlabor und Multimedialen Saal Meeresökologie – ausgestattet mit modernen audiovisuellen und Laborgeräten sowie didaktischen Hilfsmitteln für die Jüngsten.

Das Gebäude wurde den Bedürfnissen von Menschen mit Behinderung angepasst.